Марков Емельян Александрович родился 19 ноября 1972 года в Москве на Шаболовке. Отец Козлов Александр Викторович.(1947-1994) — художник. Мать Маркова Екатерина Алексеевна — поэтесса, переводчица, редактор. Дед Марков Алексей Яковлевич — известный поэт.
Родители разошлись в 1975 году. Незадолго до этого отец из-за семейного недоразумения порезал большинство своих работ. Мать сотрудничала в нелегальном машинописном журнале «Вече», хранила у себя и распространяла его номера.
В школьные годы писатель страдал пироманией и манией высоты. Залезал по пожарным лестницам на крыши, на верхушки деревьев. Так, в 1985 году, упав с дворовой липы, он попал в больницу, а затем в санаторий «Турист» с двумя компрессионными переломами позвоночника, которые спустя полтора месяца в ходе дополнительного обследования оказались застарелыми, связанными с другими падениями с высоты.
В школе считался некоторыми преподавателями почти недоразвитым, пока в шестом классе по заданию выразить какое-либо настроение не написал рассказ о гражданском одиночестве. После чего фактически стал вести уроки литературы вместе с учительницей. Когда встал вопрос о переводе ученика в девятый класс, педагогический совет сошелся во мнении, что «с Марковым мы девятый класс не представляем». Учительница литературы ответила на это, что она девятый класс — без Маркова — не представляет; и действительно, по окончании Марковым школы уволилась сама.
В первые годы после школы Марков учился на воспитателя детского сада, занимался каратэ, торговал пивом возле Павелецкого вокзала, жил с сестрой известного советского хиппи Максима Столповского Полиной. Разрыв с невестой совпал с поступлением в Литературный институт им. Горького и событиями октября 1993 года в Москве. 4 октября стало последним днем их отношений.
В том же году впервые была разграблена семейная изба на Верхней Волге, разграбления, переходящие в разрушение, продолжались несколько лет подряд. Марков выпивал с грабителями прямо в разоренном доме, но это не поменяло разрушительный фатум. В 1994 году на чужой лестничной клетке неизвестными был убит отец писателя.
Во время обучения в Литературном институте им. М. Горького Марков как свидетель и участник проходил по делу о драке на углу института, после которой рязанский поэт Владимир Воронов был доставлен в реанимацию. Вскоре после этого инцидента за выбивание двери в общежитии института Марков оказался на грани отчисления. Вступился его мастер по творческому семинару писатель Александр Рекемчук. Он сказал студенту: «Что ты пьешь? Это ведь не твое. Ты — с другой планеты».
В тот же период Марков работал кровельщиком, плиточником, счищал снег с институтских крыш. Кроме того, — массажистом в писательском поселке Переделкино.
В 1998 году по дипломной повести о деревне «После долгой зимы» Марков был принят в Союз Писателей Москвы.
Далее Марков работал дворником, курьером, звонарем.
Первая публикация состоялась в 1999 году в газете «Литературная Россия» (рассказ «Волки купаются в Волге»).
В нулевые годы Марков работал редактором в нескольких издательствах, иногда возвращался к практике массажиста.
В 2007 вышла первая книга «Волки купаются в Волге», сразу же получившая Царскосельскую художественную премию. Не остывшие после типографского станка экземпляры попали в руки премиальной комиссии за несколько минут до награждения (номинировалась книга по рукописи). В своей премиальной речи Марков сказал: «Я чувствую себя графом Монтекристо, вынырнувшим из волны в виду шхуны контрабандистов». «Прекрасно!» — воскликнул полушепотом поэт и бард Александр Дольский, член премиальной комиссии.
В 2009 году Марков работал в литературной части МХАТ им. Горького, но не сработался с худруком театра Татьяной Дорониной. «Вы не театральный человек! — сказала она с плотоядной и одновременно умиленной улыбкой. — Идите пишите свои романы». Марков можно сказать, что послушался.
В 2010 году в издательстве «КРПА-Олимп» вышел роман Маркова «Третий ход», на который отреагировал писатель Евгений Попов.
В 2011 Марков устроился в Библиотеку префекта ЦАО, где в основном занимался литературным и историческим краеведением Москвы. С краеведческими проектами ездил на конференции в Санкт-Петербург, Владимир и Суздаль. Потом писатель перевелся в Библиотеку им. Н. А. Добролюбова.
В 2016 году в издательстве «Эксмо» вышел роман «Маска» и был переиздан роман «Третий ход». В том же году писатель был принят в Русский ПЕН-центр.
В 2018 году в двух номерах журнала «Кольцо А» вышла журнальная версия романа «Мирон».
В феврале 2019 года в 1 (29) номере одесского журнала «Южное сияние» вышла пьеса «Сосновый дождь».
В октябре 2021 года в издательстве «RUGRAM» в серии Литературного агентства «Флобериум» вышел роман о космонавтах и циркачах «Астра».
В октябре 2022 года в издательстве «RUGRAM» в серии Литературного агентства «Флобериум» вышел роман об утопическом счастье в районной библиотеке «Списание«.
В октябре 2023 года в издательстве «Летний сад» в серии «Правучий мост» вышла книга стихов «Дальняя комната». 12 апреля 2025 года книга была награждена в Саратове медалью «Григорий Коновалов». Большинство лирических стихотворений книги обращено к жене автора Татьяне Алексеевне Марковой.
7 июня 2024 года в Библиотеке им. Н.А. Добролюбова Марков публично прочитал свою объемную поэму «Чаадаев».